绘制工具：OmicShare热图工具
教程链接： 《如何绘制“春日风格”的个性标签热图？》
工具链接：
https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap
03
相关性网络热图
关于相关性网络热图的绘制，其实无需R语言基础，只需准备环境因子之间的相关系数矩阵（表1）和不同分组微生物丰度与环境因子的相关性（Mantel test）系数r值和p值表格（表2）即可。
绘图工具：OmicShare动态网络热图
教程链接： 《推荐一个绘制Science网络热图的在线工具》
04
电泳凝胶热图
对于常规热图，主要用于展示连续型数据（例如基因表达量、微生物丰度）的变化规律，而这种类似电泳胶图的热图可展示离散型数据（如基因的上调表达、下调表达）的变化规律。
绘制工具：ComplexHeatmap
教程链接： 《如何绘制这种像“电泳胶图”一样的热图？》
05
相关性标记热图
5.1 星号标记热图
一般在绘制常规的相关性热图后，根据pvalue数值继续在热图上添加显著性标记（星号），如下图。
绘制工具：OmicShare动态相关性热图工具、pheatmap包
教程链接： 《如何绘制带有显著性“星号”的热图？》
5.2 正负号标记热图
除了在热图上添加显著性标记，我们也可以使用“正负号”标记正相关和负相关，如下图，或者仅显示某一范围的相关性系数值。
绘制工具：ComplexHeatmap、psych
教程链接： 《如何绘制带有“正负号”标记的热图？》
06
环形热图
环状热图可与环形聚类树结合使用，看起来很整洁美观，特别适合展示不同分组基因的表达数据。
绘制工具：ComplexHeatmap和circlize
教程链接： 《热图也开始“内卷”——环形热图如何绘制？》
07
方格热图
热图，本质上是一种数据矩阵，可用于展示行列两两之间的互作关系，如下图，这里主要用作展示基因（配体受体）之间的互作关系。
绘制工具：ggplot2
教程链接： 《如何绘制好看的“格子”热图？》
08
分类数据热图
热图常用于展示连续型数据（例如基因的表达量）的变化，而如果是离散型的分类数据（如基因的上调表达、下调表达）能不能绘制成常规热图呢？其实也可以，如下图。
绘制工具：ComplexHeatmap
教程链接： 《如何使用“分类数据”绘制热图？》
09
组内相关性热图
组内相关性热图一般只需一个丰度数据表格，计算表格列与列之间的相关性，生成的相关性系数矩阵上三角和下三角矩阵是对称的，一般只绘制上三角矩阵即可。
绘制工具：ggstatsplot、ggcorrplot
教程链接： 《哇喔！相关性热图还能给不显著“打叉”？》
10
组合热图
使用ComplexHeatmap包的各种注释函数可生成多种图形组合的注释对象，比如条形图、折线图、散点图等，进而绘制更加复杂的组合热图。
绘制工具：ComplexHeatmap
教程链接： 《如何绘制漂亮的组合热图？》
11
3D热图
除了用色彩空间展示表达量数值的高低变化，还可以再增加一个维度，将二维的平面热图直接转成3D热图，即在空间上（Z轴方向上）直观呈现数据的高低起伏变化，这样的展示效果可更加直观。
绘制工具：Origin
教程链接： 《如何将单细胞拟时热图转成炫酷的3D热图？》
12
热图通路图
关于结构式与热图的组合通路图的绘制，我们需要分别绘制分子结构式和热图，然后直接使用Ai（Adobe illustrator）将它们组合在一起。当然，关于通路图的绘制也可以参考KEGG数据库的通路图，包括查看分子的结构式。
绘制工具：OmicShare动态热图工具、ChemDraw、Adobe illustrator
教程链接： 《如何绘制结构式与热图的组合通路图？》
13
聚类热图
聚类热图的绘制方法难点是如何根据聚类结果在热图上添加分组注释（如下图），涉及到分层聚类结果的提取。
绘制工具：pheatmap
教程链接： 《如何绘制按聚类结果分组的热图？》
14
富集分析热图
GO、KEGG富集分析的结果也可以用热图展示（如下），通过改变颜色条的映射方式，以0.05为分界，非常巧妙地实现对Q value值(也可以是Pvalue值)的可视化展示，直观展示出感兴趣通路在不同比较组的富集情况。
绘制工具：Origin
教程链接： 《如何用Origin绘制好看的Q值热图？》
15
细胞分化轨迹热图
热图是组学文章中最常见的展示基因表达模式的图表，而在单细胞转录组拟时分析中最令人印象深刻的是细胞分化轨迹热图。
绘制工具：Origin
教程链接： 《独门绝技！Origin挑战绘制细胞分化轨迹热图》
好啦，本次的热图绘制教程就分享到这里啦！
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